Sie stellten fest, dass eine empfindliche, verlässliche und reproduzierbare Quantifizierung von Ziel-DNA erreicht werden konnte, wenn DNA-Fragmente <100 Basenpaare amplifiziert wurden. Größere Mengen von Hintergrund-DNA (1 mg / Probe) beeinträchtigten die Quantifizierung deutlich und führten zu einer Unterschätzung der Menge an Ziel-DNA.
Zwischen bakteriellem Wachstum und rDNA wurde ein eindeutiger Zusammenhang gefunden. Die Zellzahlen konnten jedoch nicht direkt aus den Daten der quantitativen PCR abgeleitet werden, da der zelluläre Genomgehalt mit der Wachstumsphase des Organismus variiert.
Bei Escherichia coli variierten die Zellzahlen, die einer bestimmten Anzahl von rDNA-Zielen zugeordnet werden konnten, je nach Wachstumsphase der (batch)Kulturen in einem noch akzeptablen Umfang. Die Korrelation zwischen Ziel-Gen und Zellzahl in Beziehung zum Wachstumsverhalten muss für jedes neu entworfene Detektionssystem und seinen Ziel-Organismus bestimmt werden.
Die einzigen Nukleinsäurensondentechniken, die zur Zeit eine direkte Kombination von Identifizierung und Quantifizierung von Zellzahlen ermöglichen, sind in situ Zellhybridisierung und in situ Koloniehybridisierung. Aber auch diese Techniken hängen vom physiologischen Zustand der Ziel-Organismen ab (Gehalt an Ribosomen).
Korrekte Zellzahlen lassen sich mit quantitativer PCR somit nicht ermitteln. Sie ermöglicht jedoch schnelle worst case – Analysen des mikrobiologischen Zustands einer Probe. In vielen Fällen kann auch das Vermehrungspotential eines Ziel-Organismus in einer Probe damit schnell bestimmt werden.
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