Die Antigen/Antikörper-Reaktion zum Tierartnachweis hat sich in den letzten Jahren weitgehend durchgesetzt.
Jedes landwirtschaftliche Urprodukt enthält genetische Information in Form der Desoxiribonukleinsäure (DNA). Diese kann auf Grund ihrer Spezifität ebenfalls für die Artenidentifikation genutzt werden. Mit Hilfe von tierartspezifischen Primern (DNA-Start-Sequenzen) oder anderen Primersystemen und weiteren analytischen Schritten lässt sich unter Einsatz der Polymerasekettenreaktion (PCR) die Tierart nachweisen.
Sowohl Protein- wie DNA-Tests erlauben prinzipiell nur qualitative Nachweise, eine Quantifizierung ist nur mit erheblichem Aufwand möglich und auch dann nur mit großen Fehlerbreiten. Daher kommt der Nachweisgrenze besondere Bedeutung zu. Es ist wichtig, ob 0,1 % Rindfleisch in einer Fleischware noch nachzuweisen sind oder erst mehr als 2 %. 0,1 % sind meist Verschleppungen, schlimmstenfalls durch unzureichendes Reinigen hervorgerufen, 2 % Rindfleisch sind sicher kein Zufall. Auch ist z. B. zu prüfen, ob nicht Milcheiweiße, evtl. gar Hydrolysate von Gewebe des Rinds in Würzen Rindfleisch vortäuschen.
Proteinstrukturen können sich bei Einwirkung von Temperatur, Säure und Salz ändern. Daher muss bei Einsatz tierartspezifischer Antikörper nicht in jedem Fall eine positive Reaktion zustande kommen. Die verwendeten Antikörper müssen für die zu analysierenden Produkte geeignet sein.
Fettsäurezusammensetzungen von Fett in Geweben und Membranen der Zellen sind zwar auch tierartspezifisch, jedoch in gewissen Grenzen futterabhängig und dies nicht nur bei monogastrischen Tieren. Fettsäuremuster heranzuziehen ist daher nur dann sinnvoll, wenn alle anderen Methoden versagen, wie z. B. in reinem Fett, bei dem weder Eiweiß noch DNA, bestenfalls nur in Spuren, vorhanden sind.
Spezifische Antikörper können theoretisch auch für hocherhitzte Materialien wie Tiermehle erzeugt werden. Da mit der hohen Temperatur die langen Proteinketten gebrochen werden und dabei einen Teil ihrer Spezifität einbüßen, führen nur so genannte monoklonale Antikörper, hergestellt mit Hilfe bestimmter selektierter Proteinstrukturen des hocherhitzten Materials zum Erfolg. Bei der DNA kommt es bei hohen Temperaturen zur Bildung kleinerer Fragmente. Primer für kleine Bruchstücke stellen hier eine Lösung dar; dabei geht aber auch Spezifität verloren.
Fettsäuremuster bleiben bei den Bedingungen der Tiermehlherstellung praktisch unverändert. Aber auf Grund ihrer Variabilität durch die Fütterung sind dem Nachweis der Tierart Grenzen gesetzt. Unterhalb von einigen Prozent Anteil gestatten Fettsäuremuster keine sichere Aussage mehr.
Auch können Aminosäuremuster, die genetisch festgelegt sind, bei Tiermehlen zur Feststellung der Tierart herangezogen werden. Eine sichere Aussage ist jedoch auch nur oberhalb von einigen Prozent Anteil möglich. Wo die genauen Nachweisgrenzen liegen, müsste noch untersucht werden.
Im Falle einer Wiederzulassung von Tiermehlen und Tierfetten als Tierfutter für Nichtwiederkäuer bzw. für Milchaustauscherfette wird wohl eine tierartreine Herstellung gefordert werden. Nachweise werden nach dem Gesagten möglich sein, aber nicht in Spurenanteilen. Der Nachweis der Abwesenheit einer Tierart ist in Fleisch und Fleischerzeugnissen mit hoher Zuverlässigkeit möglich. Bei hocherhitzten Tiermehlen oder Tierfetten wird dies jedoch an Grenzen stoßen.