Auf Grund des Herstellungsprozesses wurde Separatorenmaterial vom Rind infolge eines möglichen BSE-bedingten Risikos europaweit ebenfalls als Risikomaterial definiert. Dabei handelt es sich um Fleischreste, die durch maschinelle Abtrennung von Knochen gewonnen werden. Es wird befürchtet, dass dabei der BSE-Erreger aus dem Zentralnervensystem ins Fleisch gelangen kann.
Zu Kontrollzwecken wurde das Verbot der Verwendung von Schädel- und Wirbelsäulenknochen von Rindern, Schafen und Ziegen sämtlicher Altersklassen für die Herstellung von Separatorenfleisch auf sämtliche Knochen dieser Gattungen ausgedehnt.
Separatorenfleisch in Fleischprodukten wird unter anderem durch Bestimmung des Calciumgehaltes, welches aus Knochensplittern stammen kann, nachgewiesen, denn überhöhter Calciumgehalt kann auf Verwendung von Separatorenfleisch hindeuten. Für die Bestimmung von Calcium und anderen Mineralstoffen und Spurenelementen in Lebensmitteln wurde unter Verwendung des induktiv gekoppelten Plasmas mit optischer Emissionsspektrometrie (ICP-OES) und einem mikrowellenunterstützendem Druckaufschluss eine schnelle und zuverlässige Analysenmethode verwendet.
Es wurden 94 Separatorenfleisch-Proben auf Calciumgehalt untersucht, die in einem schonenden Prozess unter Verwendung von hohem Druck gewonnen wurden. Die Untersuchungen haben gezeigt, dass der Calciumgehalt nur in ca. 14 % aller untersuchten Proben im Bereich von reinem Muskelfleisch ohne Knochen, je nach Tierart, zwischen 20 und 170 mg/kg lag.
Der Grenzwert des Calciumgehalts in Separatorenfleisch wurde in Deutschland nicht eindeutig festgesetzt. Es wird aber eine Konzentration von 500-600 mg/kg empfohlen. Lediglich ca. 30 % der untersuchten Proben lagen unter dem empfohlenen Grenzwert von 600 mg/kg. Das bedeutet, dass die Gewinnung von Separatorenfleisch sogar in einem schonenden Prozess offenbar nicht ausreichend schonend genug ist, um den Übergang von Knochenpartikel und auch eventuell des Risikomaterials zu verhindern.